Спасо-Афанасиевский мужской монастырь в Ярославле был основан в 1616 году в память об освобождении России от поляков в период Смутного времени. Во время прохождения народного ополчения Минина и Пожарского через Ярославль в 1612 году, в городе вспыхнула эпидемия. Воины ополчения и горожане молились у чтимой иконы Спаса Нерукотворного, располагавшейся в часовне в Пробоинском переулке, после чего мор прекратился. По изгнании поляков из России было принято решение о постройке на этом месте монастыря. В 1616—1628 гг. были построены деревянные церкви в честь иконы Спаса Нерукотворного и святителей Кирилла и Афанасия Александрийских. Причина постройки храма в честь именно этих святых была обусловлена тем, что они ревностно защищали христианство от ересей, война с Польшей рассматривалась в России в первую очередь как борьба за истинную Православную веру против экспансии католицизма. В это же время царь Михаил Фёдорович приписал обители ряд угодий, что обеспечило монастырь материально.